Honkai Impact 3rd se situe dans une version alternative de la Terre, en proie à des catastrophes résultant de “Honkai”. Honkai est largement considéré comme une force malveillante dotée d’une volonté propre, capable de corrompre les humains en créatures mortes-vivantes, de se manifester sous la forme de divers monstres et de sélectionner divers individus connus sous le nom de “Herrschers” pour les doter de pouvoirs divins capables de déclencher des événements apocalyptiques. Le Honkai est un phénomène cyclique, qui revient pour mettre fin à la civilisation sur Terre chaque fois qu’elle devient trop avancée. L’ère précédente s’est terminée 50 000 ans avant le début du jeu, après que la 14ème Herrscher ait vaincu l’humanité.
Avant le début de l’histoire, trois réveils de Herrscher (ou “Impacts”) ont eu lieu dans l’ère actuelle : la Herrscher de la Raison qui est devenu le leader de l’Anti-Entropie au lieu de combattre l’humanité, la Herrscher du Vide qui a été vaincu par Schicksal et l’Anti-Entropie en 2000, et la Herrscher de la Foudre qui a été empêché de se réveiller complètement et envoyé pour entraîner ses pouvoirs de Valkyrie à la “St. Freya Academy” de Schicksal.
