Technologie, science et industrie – nous sommes en 1969 à Tokyo, et il n’y a pas de meilleur moment pour vivre ! Mais une ombre plane tranquillement à chaque coin de rue : des « envahisseurs » se sont infiltrés dans la population, et personne ne sait qui ils sont ni ce qu’ils sont.
Seuls les membres de l’agence top-secrète AEGIS connaissent leur existence. Combattre secrètement l’ennemi est leur travail, mais seuls ceux qui ont la capacité d’ouvrir des “portes” vers un autre monde peuvent vraiment les vaincre. Au sein d’AEGIS se trouve un groupe de travail spécialisé connu sous le nom de “Gate Keepers”. Composés d’individus extraordinaires dotés d’une variété de capacités liées à Gate, ils sont les seuls à pouvoir sauver l’humanité des vicieux envahisseurs qui sévissent sur la planète.
Shun Ukiya est un lycéen moyen qui vit avec sa mère veuve et sa petite sœur. Un jour, alors qu’il rentrait de l’école, il rencontra un groupe d’envahisseurs se dirigeant vers sa maison. Dans une situation désespérée pour sauver sa famille, Shun découvre qu’il possède la capacité d’ouvrir une porte, lui permettant d’exploiter d’énormes quantités d’énergie. Avec sa nouvelle capacité exposée, il attire l’attention d’AEGIS, et en particulier l’intérêt de l’un de ses Gate Keepers, l’ami d’enfance de Shun, Ruriko Ikusawa.