Lucy est ce qu’on appelle une Diclonius, un mutant en quelque sorte. Celle-ci est gardée dans un laboratoire de haute sécurité, dans lequel des expériences ont lieues sur ces êtres surhumains. Lucy parviendra à s’échapper en massacrant toute personne se trouvant sur son chemin grâce à ses vecteurs, des mains invisibles extrêmement tranchantes et d’au moins 2 mètres de long. Toutefois, une fois à l’extérieur, un sniper réussira à la toucher en pleine tête bien que celle-ci survivra mais cela lui causera la perte de sa mémoire.
Le lendemain, Kouta, un jeune garçon, donne rendez-vous à sa cousine Yuka qui lui a permit de s’établir dans une vieille auberge à condition de la garder intacte. Ils se retrouvent alors à la plage où ils jouaient en étant plus petits. Ils rencontreront Lucy qui, à cause de la perte de mémoire suite à la balle en pleine tête, ne répondra que par des “nyu”. Kouta et Yuka l’appelleront alors ainsi. Contrairement à la Lucy qui s’est évadée, la Nyu que ces deux adolescents connaissent est très docile et inoffensive.
Néanmoins, suite à son évasion, la SAT a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive.