Traumatisé par l’école, Jun Sakurada passe ses journées à la maison comme un enfermé, achetant des choses en ligne, pour les renvoyer avant la fin de la période d’essai gratuite. Ainsi, lorsqu’une note apparaît sur son bureau, lui demandant s’il enroulerait ou non quelque chose, il suppose que c’est quelque chose qu’il a commandé et encercle négligemment “oui”, changeant sa vie pour toujours.
Une boîte arrive avec une poupée à remonter à l’intérieur, mais ce n’est pas un jouet ordinaire : après que Jun l’ait remontée, elle commence à marcher et à parler comme si elle était une personne normale. Avec une attitude hautaine, elle se présente comme Shinku, la cinquième poupée de la collection Rozen Maiden, un groupe de poupées spéciales fabriquées par le légendaire fabricant de poupées Rozen. Ces sœurs doivent s’affronter dans une compétition appelée Alice Game avec l’aide d’un humain pour assurer la victoire. La gagnante devient Alice, une vraie fille qui mérite de rencontrer son créateur.
Alors que des poupées plus sensibles finissent par s’installer dans la maison de Jun et qu’un ennemi du passé de Shinku fait son apparition, la vie de Jun devient beaucoup plus compliquée qu’il ne l’aurait jamais cru possible.