Après Armageddon, une guerre apocalyptique, l’humanité fait face à une autre menace : les vampires. Les affrontements continus entre les races ont divisé le monde en factions distinctes. La race de vampires, Mathusalem, est affiliée au Nouvel Empire Humain ; tandis que les humains, considérés comme des Terriens par les vampires, constituent l’État pontifical du Vatican. De plus, des groupes extrémistes comme l’Ordre Rosenkreuz s’efforcent de raviver une guerre, malgré les tentatives des factions d’éviter un conflit direct.
Pour lutter contre les organisations terroristes, le Vatican a mis en place l’unité AX. Dirigés par le cardinal Caterina Sforza, les agents de l’AX enquêtent sur les troubles liés aux vampires dans l’espoir que les Terriens et le Mathusalem parviendront un jour à une coexistence pacifique. Parmi l’unité AX se trouve le prêtre Abel Nightroad, un homme apparemment désorienté mais au cœur doux qui est un féroce tueur de vampires sur le champ de bataille. Rejoindre l’unité en tant que partenaire est l’agent Sœur Esther Blanchett, une jeune nonne courageuse et douce troublée par un passé tragique.
Au fur et à mesure que les deux se rapprochent, ils commencent à découvrir des signes de stratagèmes malveillants et de forces obscures travaillant dans l’ombre. Mais le chemin qu’ils empruntent est semé d’embûches qui pourraient bien les obliger à affronter les souvenirs qui tourmentent leur cœur.