Quinze ans après un événement cataclysmique connu sous le nom de Second Impact, le monde fait face à une nouvelle menace : des êtres célestes monstrueux appelés “Anges” envahissent un à un Tokyo-3. L’humanité est incapable de se défendre contre les anges malgré l’utilisation de leurs munitions et tactiques militaires les plus avancées. Le seul espoir de salut humain repose entre les mains de la NERV, une mystérieuse organisation dirigée par le froid Gendo Ikari. La NERV exploite des robots humanoïdes géants surnommés “Evangelions” pour combattre les anges avec des armes de pointe et des barrières de protection connues sous le nom de Absolute Terror Fields.
Des années après avoir été abandonné par son père, Shinji Ikari, le fils de 14 ans de Gendo, revient à Tokyo-3. Shinji subit une bataille interne perpétuelle contre le traumatisme profondément enfoui causé par la perte de sa mère et la négligence émotionnelle qu’il a subie aux mains de son père. Terrifié à l’idée de s’ouvrir à un autre, la vie de Shinji est changée à jamais lorsqu’il rencontre Misato Katsuragi, 29 ans, un officier de haut rang de la NERV qui lui montre une gentillesse maternelle à l’esprit libre qu’il n’a jamais connue.