Par une journée ensoleillée de juillet de la 41e année de l’ère Shinka, Jirou Hitoyoshi est chargé d’écouter secrètement une réunion secrète entre un scientifique éminent du gouvernement et un espion industriel. Cependant, sa couverture est grillée et l’espion se révèle être un extraterrestre déguisé. Au milieu du chaos qui s’ensuit, Jirou fait appel à la serveuse de café et fille magique Kikko Hoshino, l’un des nombreux “surhumains” qui se fondent dans la société et protègent secrètement l’humanité des menaces extraterrestres. En tant que membre de l’agence gouvernementale connue sous le nom de Super Population Research Laboratory, Jirou a la double tâche de protéger les surhumains qui défendent l’humanité et d’éliminer ceux qui sont jugés trop dangereux pour vivre. Ayant prouvé qu’elle était une alliée de valeur, Kikko est invitée à rejoindre l’agence en tant que nouvelle recrue.
Avance rapide de cinq ans : la désapprobation et le dégoût pour les surhumains sont désormais monnaie courante à Tokyo. De la corruption gouvernementale et des idées contradictoires de justice à la moralité des droits surhumains, la relation entre les humains et la minorité surnaturelle s’équilibre de manière précaire dans un monde envahi par des murmures d’agitation et de malaise. Dans des circonstances mystérieuses, Jirou a trahi l’agence et est maintenant un fugitif en fuite. Alors qu’il se faufile dans les ruelles pluvieuses de Shinjuku, il est poursuivi par les mêmes surhumains qu’il a lui-même recrutés.
