Nanoha Takamachi, une élève de troisième année ordinaire qui aime passer du temps avec sa famille et ses amis, sauve un furet blessé dont elle avait rêvé la nuit précédente. Le lendemain, le furet lui crie par télépathie, demandant à Nanoha de le sauver. Le furet se révèle être Yuuno Scrya, un mage d’un autre monde qui tente de collecter les dangereuses 21 Jewel Seeds qu’il a accidentellement dispersées à travers le monde. Il demande l’aide de Nanoha, lui offre la baguette magique Raising Heart et lui apprend à devenir un puissant mage.
Quelques jours plus tard, après avoir récupéré quelques-unes des Jewel Seeds, un autre mage apparaît : Fate Testarossa. Plus forte que Nanoha, Fate refuse de divulguer ses raisons d’essayer de collecter les Jewel Seeds. Nanoha sent de la mélancolie dans ses yeux, mais le destin refuse de communiquer. Réalisé par Akiyuki Shinbo, Mahou Shoujo Lyrical Nanoha est une histoire sur le choc des émotions lorsque les objectifs se heurtent.
