Dans les dernières années de l’ère Bakumatsu vivait un assassin légendaire connu sous le nom d’Hitokiri Battousai. Redouté comme un tueur sans pitié, il était inégalé dans tout le pays, mais a mystérieusement disparu au plus fort de la révolution japonaise. Dix années de paix se sont écoulées depuis lors, mais la simple mention de Battousai sème encore la terreur dans le cœur des anciens combattants.
À leur insu, Battousai a abandonné son style de vie taché de sang dans un effort pour se repentir de ses péchés, vivant maintenant sous le nom de Kenshin Himura, un épéiste errant avec une attitude joyeuse et une forte volonté. Jurant de ne plus jamais tuer, Kenshin se consacre à la protection des faibles. Un jour, il tombe sur Kaoru Kamiya dans son dojo de kendo, qui est menacé par un imposteur prétendant être Battousai. Après avoir reçu l’aide de Kenshin, Kaoru lui permet de rester au dojo, et ainsi l’ancien assassin cesse temporairement ses voyages.
