Il s’agit d’un spin-off de la série principale.
L’histoire se déroule dans la ville de Kamihama. Des Magical girls s’y rassemblent, guidées par un pouvoir mystérieux. Elles y acquièrent un nouveau pouvoir offert par la sorcière et peuvent ainsi se battre avec Iroha Tamaki, une jeune femme, est venue dans cette ville pour chercher sa sœur Ui, qui a disparu du jour au lendemain. Elle commence à fouiller les moindres recoins de la ville avec l’aide d’autres Magical girls.
Un jour, Akemi Homura, une puissante Magical girls de Mitakihara, arrive à Kamihama. Elle est ici pour sauver Kaname Madoka et le seul moyen d’y arriver est de résoudre le mystère de cette ville.
