Mithril, une institution militaire secrète utilisant une technologie de pointe pour lutter contre les opérations terroristes, affecte une équipe spécialisée à une mission sensible. Sous le commandement de l’officier supérieur Melissa Mao, les sergents Sousuke Sagara et Kurz Weber doivent secrètement protéger Kaname Chidori – une adolescente qui détient inconsciemment des connaissances scientifiques révolutionnaires et est considérée comme une “Whispered” – des agences de renseignement et d’autres organisations poursuivant ses capacités.
Alors que Kurz et Melissa doivent l’aider à distance, Sousuke s’inscrit au lycée de Kaname comme l’un de ses camarades de classe pour la surveiller de près. Cependant, son éducation militariste et ses faibles compétences sociales conduisent à une adaptation difficile à la vie civile. Non seulement il attire inutilement l’attention, mais ses actions rendent fréquemment Kaname méfiant à son égard.
Malgré les tentatives sérieuses de remplir son devoir, une embuscade terroriste complique encore la tâche de Sousuke. Reconnaissant le cerveau vicieux derrière l’assaut, Sousuke abandonne ses ordres pour assurer la sécurité de Kaname.