Cela fait 10 ans que Heaven’s Gate est apparu en Amérique du Sud et Hell’s Gate est apparu au Japon, voilant le ciel nocturne autrefois familier d’un ciel oppressant. Leurs buts inconnus, ces Portes sont des espaces dans lesquels les lois mêmes de la physique sont ignorées. Avec l’apparition des Portes, des entrepreneurs ont émergé, qui, en échange de leur humanité, se voient accorder des capacités surnaturelles.
Dans la ville japonaise entourant Hell’s Gate, le chef de la section 4 Misaki Kirihara se retrouve en désaccord avec un entrepreneur infâme nommé Hei. Appelé “Black Reaper” dans le monde souterrain, Hei, comme ses associés, entreprend des missions pour le mystérieux et impitoyable Syndicat tout en décollant lentement les couches sombres recouvrant un complot infâme qui menace l’existence même des entrepreneurs.