Blue Gender se déroule dans un futur pas trop lointain dans un monde où les choses ont terriblement mal tourné pour l’humanité. Les humains ont été remplacés au sommet de la chaîne alimentaire par les Bleus, une race d’extraterrestres ressemblant à des insectes qui ont colonisé la Terre et écarté les humains. Une station spatiale, Second Earth, a été construite comme refuge pour les humains, dans l’espoir de reconquérir un jour la Terre.
Yuji Kaido a été congelé cryogéniquement, souffrant d’une maladie connue sous le nom de cellules B. Une fois réveillé, il rejoint une équipe de soldats venus sur Terre pour l’extraire. Malheureusement, rien ne se passe comme prévu alors qu’ils retournent sur la Seconde Terre.
Yuji devra faire face aux horreurs d’une guerre sanglante alors que lui et les combattants de la Seconde Terre cherchent à survivre. Parviendront-ils à reconquérir la Terre sans perdre leur humanité ?
