L’histoire se déroule dans un monde après la mort. Toutefois, à son réveil, Yuzuru Otonashi se trouve être amnésique et n’a aucun souvenir. Il lui faudra peu de temps afin de savoir la réalité sur ce lieu grâce à une jeune fille nommée Yuri, se proclamant leader d’un groupe voulant se rebeller contre les dieux qui ont infligés le tragique sort de chaque personne ici présente.
Nous découvrirons ainsi la raison tragique de chacun qui fait qu’ils se trouvent dans l’au-delà. Pour sortir de là et être enfin paisibles, ces jeunes âmes vont chercher une rédemption et accomplir leurs rêves ou tout simplement admettre avoir passé un bon moment dans ce nouveau monde.