Dans le Japon moderne, les humains consacrent des temples et prient pour les dieux. Ici, nous suivrons l’histoire de Yato, un dieu oublié de tous, tentant de se faire connaître en exauçant des vœux un peu partout contre une maigre somme de 5 yens.
Un jour, il croisa Iki Hiyori, une collégienne qui le sauve en l’empêchant de se faire écraser par un bus. À cause de cet accident, Hiyori deviendra une demi-ayakashi. À partir de là, elle suivra Yato jusqu’à ce qu’il accepte de résoudre son problème.