L’histoire se déroule à l’époque d’Edo, au Japon.
Gabimaru, « Le Vide », un célèbre et puissant shinobi a été capturé et croupit en prison. Affirmant n’avoir plus aucune raison de vivre, il attend désespérément qu’un bourreau parvienne à lui ôter la vie, son entraînement surhumain lui permettant de résister aux pires des châtiments. C’est alors qu’il reçoit la visite d’un exécuteur pas comme les autres : une puissante manieuse de sabre et trancheuse de tête. Après un âpre combat dont il réchappe de peu, celle-ci le pousse dans ses retranchements. En échange de la vie sauve, elle lui propose un marché : il devra se rendre sur une île mystérieuse afin de récupérer un élixir d’immortalité. Seul problème : les seuls humains rescapés de cette île en sont revenu sous forme de… fleurs.
