Nous nous situons dans un monde tel que le notre mais dans une réalité alternative au 19ème siècle. Avec l’arrivé d’extraterrestres, le monde a radicalement changé en une vingtaine d’années. L’apparition de technologies modernes tel que la télé, internet ou encore des véhicules à moteurs thermiques, feront signe d’anachronismes et non de science-fiction, bien que celle-ci sera fortement présente mais n’intervenant que très peu sur les protagonistes.
En parlant de protagonistes, nous avons pour personnage principal Gintoki Sakata, ancien samouraï excentrique qui aide un adolescent nommé Shinpachi Samura à sauver sa sœur Tae, d’un groupe d’extraterrestres. Impressionné par Gintoki, Shinpachi devient son apprenti et travaille avec lui comme homme à tout faire dans le but de payer le loyer de Gintoki.