Mikan Sakura est une fille normale de 10 ans. Optimiste, énergique et, dans l’ensemble, un enfant très gentil, Mikan est tout le contraire de Hotaru Imai, distant, intelligent et un peu froid. Malgré leurs différences flagrantes, les deux filles sont les meilleures amies depuis très longtemps. Ainsi, lorsque Hotaru est soudainement transférée à l’Alice Academy, une école prestigieuse de la ville, sa meilleure amie est dévastée, surtout lorsqu’elle entend les horribles rumeurs concernant le traitement sévère des étudiants par l’académie. En proie à l’inquiétude, Mikan s’enfuit pour voir sa meilleure amie !
À son arrivée, Mikan apprend l’existence des «Alices», des individus doués de diverses capacités surnaturelles, et que l’école est une institution construite par le gouvernement pour les former et les protéger. Découvrant qu’elle a ses propres pouvoirs uniques, Mikan s’inscrit à l’académie et, après beaucoup de problèmes, retrouve finalement Hotaru.
Gakuen Alice est une comédie réconfortante qui suit les aventures de Mikan et de ses amis à l’académie, ainsi que leur tentative de découvrir les mystères entourant l’étudiant problématique et manieur de feu Natsume Hyuuga.
