Haruka Nanase a un amour pour l’eau et une passion pour la natation. À l’école primaire, il a participé et remporté une course de relais avec ses trois amis Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki et Makoto Tachibana. Après avoir revendiqué la victoire au tournoi, les quatre amis se sont séparés. Des années plus tard, ils se réunissent en tant que lycéens; cependant, Rin ne se souciait pas moins de revenir à la façon dont les choses étaient. Non seulement il fréquente une école différente, mais la seule chose qui compte pour lui est de prouver qu’il est un meilleur nageur qu’Haruka.
Après les retrouvailles amères, Haruka, Nagisa et Makoto décident de former le Iwatobi High School Swim Club, mais ils auront besoin d’un quatrième membre s’ils espèrent participer au prochain tournoi. Entrez Rei Ryuugazaki, un ancien membre de l’équipe de piste que Nagisa recrute. Alors que le moment de la compétition approche, les quatre développent un lien étroit tout en s’entraînant intensément pour s’imposer et régler les choses entre Haruka et Rin une fois pour toutes.
